傳統(tǒng)的以物流職能為核心的物流組織結構的明顯缺點是：各部門過于強調單一的、獨立的物流基本職能，忽視各個職能間的關系。而不同的物流職能之間存在著嚴重的目標沖突，具體有運輸成本與庫存量之間的交替損益、前置時間與運輸成本之間的交替損益、安全庫存量與庫存成本之間的交替損益、客戶服務水平與服務成本之間的交替損益等等。[1]傳統(tǒng)的物流組織結構常常會因為追求職能目標而看不到全局的整體利益。沒有一項職能對最終結果負全部責任，每一職能的成員相互隔離，很少了解其他職能的人干些什么。因為只有高層管理能看到全局，所以它的擔當協(xié)調的角色。不同職能間利益以及視野的不同會導致職能間不斷地發(fā)生沖突，各自極力強調自己的重要性。職能型結構的另一個缺點是，他不能對未來的高層經理提供訓練的機會。職能經理們看到的只是組織的一個狹窄的局部，及他們的職能所涉及的部分，而對其他職能的接觸非常有限。因此，這種結構并不能給管理者帶來關于整個組織活動的廣闊視野。
正如良好的物流管理理念隨時間的推移在不斷改變，數(shù)十年來，物流活動的組織結構也從強調"物流職能"為核心轉變?yōu)閺娬{"物流過程為核心。人們將物流組織現(xiàn)在所處的階段稱之為供應鏈管理，此時物流組織不僅僅包括物流活動的全面一體化，還包括生產過程中的物流活動，也即，供應鏈管理階段的物流活動包括發(fā)生在原材料采購、生產過程以及到達最終用戶手中這一過程的所有活動。[2]供應鏈中跨組織業(yè)務流程是指，跨越組織便捷地延伸到供應商、客戶、政府管理部門以及聯(lián)盟企業(yè)等其他組織的業(yè)務流程。3跨組織的物流流程不僅包括發(fā)生在企業(yè)之間的以及企業(yè)和其他機構之間的流程，還包括企業(yè)和顧客之間的交互。
目前一個明顯的趨勢是物流組織正努力將他們的運作能力更好的支持以過程為導向的管理，而不受功能集成或分割的影響。Mckinsey 咨詢公司的顧問Frank Ostroff 和 Doug Smith 曾描述過以功能管理為核心的垂直層次結構可以轉換成以過程為導向的水平組織模式。[2]
在以過程為導向的水平組織結構中，當職務是圍繞小組而非個人來進行設計時，結果就形成了工作團隊。物流組織中自我管理的工作團隊具有更強的縱向一體化，它擁有更大的自主權。給自我管理工作團隊確定了要完成的目標以后，他就有權自主決定工作分派、工作作息和質量檢驗方法等。這些團隊甚至常常可以挑選自己的成員，并讓成員相互評價工作成績。
目前第三方物流服務供應商提供的服務大都是以物流項目的形式存在，物流團隊可以針對客戶綜合的、個性化的物流服務要求，按照客戶的特點進行物流過程縱向重組，形成綜合的、一體化的物流服務項目，從而和客戶的整個供應鏈的運作緊密結合。
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